1.胆囊结石
①胆囊内充满结石应与肝门附近的肠气回声鉴别。肠气回声的形态不固定，其声影内有多重反射的回声光带，不如胆石的声影清晰锐利，且声影随着肠管蠕动而移动。
②泥沙样结石应与胆囊内炎性沉积物和陈旧的浓缩胆汁鉴别。后者多见于胆囊、胆管梗阻或长期禁食患者，其层状回声移动速度较慢，且可在胆汁中漂动，回声较弱并无声影。
2.肝外胆管结石
胆总管下端结石引起胆管高度扩张，扩张范围可达肝内，如果超声只显示胆总管扩张而探测不到胆石，此时应和胆总管下端肿瘤和胰头癌鉴别。癌肿所致胆管扩张多数比胆石严重，而且病史中一般无胆绞痛，黄疸逐渐加深，癌肿最后常浸润胰头，出现胰头增大，胰管扩张。鉴别有困难时应求助于ERCP检查。
3.肝内胆管结石
肝内胆管结石应和正常的肝圆韧带、小的海绵状血管瘤、结核性钙化灶、肝组织的局部坏死纤维化以及肝内胆管积气形成的强回声反射等鉴别。它们在肝断面图象上都可表现为强回声区，有时还伴有声影。
小海绵状血管瘤形成的强回声区不如结石光团致密，其边界清楚，不伴有胆管扩张。
结核性钙化灶也不伴有胆管扩张，有结核病史。
肝圆韧带位于肝左叶，在门静脉矢状部与肝左叶下缘之间，呈条索状。
肝纤维化患者常有肝局部感染病史，如肝脓肿、化脓性胆管炎、肝穿刺等，且不伴有胆管扩张。
肝内胆管积气强回声呈条带状或排列成串，多有胆道手术史。