尖锐湿疣可发生在孕前，也可发生在孕后各期。作者在临床上观察到妇女在妊娠期发生尖锐湿疣后，尖锐湿疣增长速度快损害较广泛，对治疗效果差。
主要原因可能是妇女在妊娠期间机体免疫功能下降，激素水平改变如孕酮水平升高等，随着子宫内胎儿增大压迫下肢大血管、淋巴管，使其血液、淋巴液回流减慢导致下肢及外阴部充血水肿，加之阴道分泌物增多，外阴部湿润有利于尖锐湿疣进一步发生发展。
妇女妊娠期发生尖锐湿疣后其治疗较为困难，对要求生产的孕妇尖锐湿疣处理更是棘手。因为在治疗尖锐湿疣时要考虑孕妇及胎儿两方面，即在治疗时要考虑所用药物或物理疗法等治疗的安全性，特别是要考虑所用疗法对胎儿或孕妇有无影响。
由于一些疗法在孕妇中应用受到限制，如鬼臼毒素、5-fu等化学药物局部应用后经皮肤粘膜组织吸收，可引起胎儿流产、早产、死产、畸形等，而手术切除、激光、电灼等方法可发生严重出血，并易致局部细菌感染，如蜂窝组织炎等，令临床医生和患者苦恼。但如果孕妇尖锐湿疣不治疗则损害会继续发展。病变巨大可发生溃疡出血，严重者可造成软产道的机械性阻塞。胎儿感染hpv后严重病例可出现呼吸道乳头状瘤致命并发症。因此，妊娠合并尖锐湿疣的治疗问题十分复杂。
一般来说孕妇患尖锐湿疣后要建议其终止妊娠。原因是除了在妊娠期尖锐湿疣增长速度快、对治疗反应差外，重要的是有可能引起宫内胎儿hpv感染或发生尖锐湿疣，或在生产过程中胎儿发生尖锐湿疣感染，也可能在治疗尖锐湿疣时发生流产、早产等。此外，终止妊娠后也便于尖锐湿疣的治疗，少数人不经治疗尖锐湿疣损害也可能逐渐减少、缩小、甚至完全自行消退。
对不愿意终止妊娠、并坚持要小孩者，要严密观察其病情发展，并注意以下治疗原则：
1.保持外阴部清洁、干燥
患者要勤洗外阴部，保持外阴部清洁、卫生，保持局部干燥。
2.注意休息，加强营养
患者要注意休息、避免疲劳，加强营养，提高机体免疫力，以提高抗病能力。
3.改善下肢血液循环
患者要平卧，抬高下肢，以改善下肢血液循环，减轻外阴部水肿。
4.选择对孕妇和胎儿无影响的疗法
在治疗方面尽量选择对孕妇和胎儿均无影响的疗法。这些疗法要求：①不容易经皮肤粘膜吸收引起全身性毒副作用的化学药物；②避免全身性或局部损害内用易引起全身性反应的药物，以尽量减少孕妇的痛苦。对孕妇尖锐湿疣患者常选用的疗法有三氯醋酸局部治疗、冷冻疗法、激光疗法。尽管这些疗法较安全，但还是会给患者带来一定痛苦如激光疗法引起的疼痛等可能会导致流产。
在治疗过程中，若尖锐湿疣损害数目不多，可一次性彻底去除损害；若损害数目较多，应分批去除损害；若损害较多、较大 / 损害广泛、去除损害后很快复发、又是妊娠晚期即将分娩者，可采取保守的办法，即不进行治疗或只去除个别较大损害，其余的损害不治疗，等待产后再作处理。但若出现下列情况者要进行治疗：①损害较大，出现压迫症状者；②阴道内或外阴尖锐湿疣损害容易出血者。
5.预防流产或早产
对阴道或宫颈部有尖锐湿疣者，要尽可能避免反复多次使用扩阴器检查，以免引起流产或早产。
6.避免经阴道分娩
妊娠晚期要行剖宫产，避免经阴道分娩，尤其是宫颈和／或阴道壁有尖锐湿疣者要注意，以免造成婴儿的尖锐湿疣感染。但也有学者主张阴道分娩方式，认为剖宫产并不能阻止母婴尖锐湿疣传染。
7.产后尖锐湿疣的处理
对孕妇产后尖锐湿疣的处理可先采取等待的办法，期望尖锐湿疣能自行消退。在临床上，孕妇尖锐湿疣在产后部分可自行消退。孕妇产后尖锐湿疣自行消退的可能因素有：①孕妇产后消耗量减少，营养加强，提高了机体免疫力；②外阴部有利于hpv增殖和尖锐湿疣增长的湿润环境得到改善；③内分泌激素水平如孕酮水平恢复正常等。
对产后尖锐湿疣损害数目无减少、损害无缩小、且病情进一步加重者要按常规治疗方法积极治疗。与此同时，要注意观察婴儿有无尖锐湿疣感染。作者对19例孕妇尖锐湿疣患者的婴儿（女11例，男8例）自出身后随访1年半到6年无1例发生尖锐湿疣，也无其他明显异常。门直肠内尖锐湿疣的同时，发现其大阴唇上有2个指头太小菜花型尖锐湿疣也在注射2次自体疫苗后消退。
对有浸润表现的巨大型尖锐湿疣，应较大范围切除后进行病理检查以了解有无癌变。若发生癌变要采取外科根治术。有学者建议对于侵犯阴茎体广泛的病例，需要阴茎部分切除或阴茎全部切除。
总之，在尖锐湿疣的治疗过程中，不能只考虑单一采用某种疗法去除尖锐湿疣损害。同时，要重视患者全身状况，如有无其他一些免疫性疾病、病毒感染性疾病、严重消耗性疾病等，若发现有则要积极治疗。此外，要调整好患者的精神状况，耐心向患者讲清楚病情，解答患者提出的有关问题，以减轻患者的思想负担及精神压力，否则患者精神负担过重继而导致的一系列问题会严重影响其机体免疫系统功能，进而影响尖锐湿疣的治疗。
在尖锐湿疣治疗的时间上应越早越好，强调早期治疗。尽管有极少数尖锐湿疣可能自行消退，但若延迟治疗，会引起病情加重，增加治疗上的困难。在临床上，有一些医生发现尖锐湿疣患者同时合并有细菌感染、真菌感染或滴虫感染等疾病时强调先治愈合并感染后再治疗尖锐湿疣。作者认为这种方法欠妥，应两者同时进行。当然这些合并感染对尖锐湿疣治疗有很大影响，但等待往往加重了尖锐湿疣，实践过程中也是如此。
在治疗尖锐湿疣方法的选择上，其中最常用的方法是自体疫苗1311疗法、局部外用药物疗法。
在内用药物方面主要选择是免疫增强剂及抗病毒药。目前仍以干扰素局部或全身性治疗为主。
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