遗传因素
近亲结婚，夫妻双方或一方染色体异常，夫妻双方血缘关系越近，下一代染色体异常越易表现为显性，染色体异常胚胎多不能存活而导致流产，也有出现畸胎、胎儿发育迟缓，或虽存活但表现为染色体异常显性遗传。
子宫发育异常
先天性子宫畸形如双角子宫、鞍状子宫、子宫过小，宫腔粘连、子宫肌瘤等也可造成习惯性流产。子宫是孕卵着床、发育、成长处所，是胚胎发育土壤，子宫异常使孕卵无法正常发育便导致流产，因此应积极治疗。子宫发育不良、子宫过小可用雌激素疗法，常用己烯雌酚0.5mg～1mg，每日1次，睡前口服，自月经周期第5天起连用20日，共3～4个周期;也可用异物刺激法，如子宫内放置小型节育器，促使子宫增大;有时需行手术，如去除宫腔粘连、子宫整形术、肌瘤摘除术等。
母儿血型不合
最常见为ABO血型不合，少见有RH型、MN系统血型不合。假如母亲和胎儿之间血型不合，胎儿从父亲方面得到抗原，进入母体产生抗体，抗体通过胎盘进入胎儿血循环，作用于红细胞，使之破坏溶血，严重可使胎儿死亡，导致晚期流产。在ABO血型不合中，大多数孕妇为O型血，丈夫为A型、B型或AB型血，假如胎儿血型为A型或B型，就有可能发生晚期流产，但此种情况发生率不高。
黄体功能不全
卵巢破裂排卵后，形成黄体，黄体分泌孕激素和雌激素。受孕后，黄体继续维持妊娠4～6个月才开始退化，妊娠早期黄体寿命及其功能是受绒毛膜促性腺激素(HCG)作用。孕卵在子宫着床后，从卵胚细胞中分化出合体滋养层，与之相接触子宫蜕膜将来发育成胎盘，合体滋养层很快分泌HCG进入母体，使黄体寿命延长，并刺激其合成孕激素，以维持妊娠。
子宫颈内口松弛
习惯性晚期流产常由宫颈内口松弛引起。由于手术损伤，少数是先天性发育异常引起宫颈内口扩张，同时子宫峡部缺陷，妊娠中期后，羊水增多，胎儿长大，宫腔内压力增高，胎囊自宫颈内口突出，宫颈管逐渐缩短、扩张，当压力增高到一定程度，胎膜忽然破裂，导致胎儿排出流产。这种反复流产，可根据以往流产发生时期，选择在妊娠12～20周行子宫内口缝扎术，术后予安胎治疗，至妊娠足月有临产先兆或计划施行剖宫产时再拆除缝线。
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